Нет достоверных данных, где именно Уильям получил образование. Сам Мортон утверждал, что закончил Стоматологический колледж в Бостоне, однако биографы ученого говорят, что данных об обучении Уильяма в этом заведении нет. Также есть предположение, что Мортон получил начальное в Хатфорде. Однако, известно точно, что именно в это время он познакомился с человеком, опыты которого произвели неизгладимое впечатление на дантиста. Хорас Уэллс увлекался анестезиологией, и Мортон не раз присутствовал при его опытах с закисью азота. Они решили создать совместный бизнес, однако дело не пошло и уже через пару лет контракт был расторгнут. Мортон возвращается к зубоврачебной практике.
Реклама в газете Boston Post первого офиса Мортона, где он предлагал лечение зубов без боли (1840 г.)
В 1843 году он встречает Элизабет Уитман, племянницу бывшего конгрессмена, и решает жениться. Однако родители девушки выступают категорически против. После долгих уговоров и обещания, данного Мортоном о том, что он получит фундаментальное медицинское образования, благословение на брак было получено.
В этом же году Мортон поступает в Военно-медицинскую школу Гарварда и продолжает стоматологическую практику, специализируясь на установке зубных протезов. Страдания пациентов при удалении сгнивших корней для установки вставных зубов побуждают его экспериментировать. Он пробует снизить болевой порог во время стоматологических процедур с помощью алкоголя и наркотиков, но его пациенты после приема этих средств становятся агрессивными и неуправляемыми.
Ему на помощь приходит профессор Гарвардского университета Чарльз Джексон. Он обращает внимание Уильяма на студенческие эксперименты с эфиром, как местным анестезирующим средством. Действительно, анестезия с помощью эфира казалась неплохой идеей. Однако, чтобы не допустить повторных ошибок, Мортон решает испробовать его действие сначала на животных (включая собственную собаку), а потом и на себе.
Убедившись в безопасности вещества для здоровья пациентов, Мортон проводит первую стоматологическую операцию с его использованием 1 сентября 1846 года. Ингаляция эфиром при удалении пораженного зуба произвела настоящий фурор в мире медицины. Этим методом заинтересовались врачи из других областей медицины, в которых лечение было связано с причинением пациенту сильнейшей боли. Однако, Мортон, осознав перспективы такого успеха, не спешит раскрывать тайну вещества и называет его просто "letheon", а также пробует запатентовать метод и получить исключительные права на его использование, что гарантирует получение пожизненных дивидендов.
Примеряя лавровый венок, Уильям совершенно забывает о том, кто направил его по правильному пути. Но Чарльз Джексон этого не забыл и подал заявку на опровержение первенства открытия эфира, как анестетика, Мортоном. Джексона признают, как обладателя равных с Мортоном. С этого момента начинается кровная вражда ученых, которая сломала их жизни, как ученых, как людей. Они пытаются всеми законными и незаконными способами вырвать друг у друга славу и деньги, которые сулит право на "letheon". Многочисленные судебные тяжбы и прошения в Конгресс одной и другой стороны завели дело в тупик. Ни та, ни другая сторона не хотела уступать, раз за разом подавая опровержения и прошения во все возможные инстанции.
В погоне за призрачной славой и воображаемыми деньгами Мортон совершенно отстраняется от работы, а увеличивающиеся с каждым новым прошением юридические расходы окончательно подрывают и без того шаткое материальное положение стоматолога. Чтобы хоть как-то поддержать свое материальное и моральное положение осенью 1862 он присоединяется к армии Потомака как хирург — доброволец. В это время он применяет эфир к более, чем двум тысячам раненных во время сражений солдат.
15 июля 1868 года, прибыв на очередное судебное слушание Мортон почувствовал себя плохо. Спасаясь от жара и лихорадки, он пошел к Центральному парку, где вскоре потерял сознание и умер.
Уильям Томас Грин Мортон был похоронен в Кембридже, штат Массачусетс. На его надгробной плите написано: «Уильям Т. Мортон. Изобретатель и первооткрыватель анестезии, который отвел и уничтожил боль, до которого хирургия во все времена была мучением, после которого наука контролирует боль». Звание, которого он добивался при жизни, стало по праву его только после смерти.
Справка: До конца так и не доказано, кто на самом деле первым открыл метод ингаляции эфиром. Примерно в одно время этим занимались несколько ученых: Мортон, Кроуфорд Уильямсон, Хорас Уэллс, Чарлз Джексон и Кроуфорд В. Лонг. Однако, именно Мортон первый решился на демонстрацию метода, рискнув своей репутацией и именем.
